陆川猪染色体等级定相（Phased）基因组的拼装。唐中林供图
近来，生物学预印本服务器（BioRxiv）在线宣布了我国优秀当地猪——陆川猪的染色体等级的高质量定相（Phased）基因组序列。这不只填补了亚洲家猪短少高质量参阅基因组的空白，更为基因组拼装供给了新的方向。该项效果由我国农业科学院深圳农业基因组研讨所（以下简称“基因组所”）猪基因组规划育种立异团队主导完结。
项目负责人、基因组所研讨员唐中林告知《我国科学报》，使用多项测序技能和拼装算法，他们初次获得了染色体等级、完好的两套基因组序列。这标志着来自亲本的等位基因能够完好区别，为研讨等位基因的功用互作供给了名贵的数据和技能根底，具有重要的理论和使用价值。
“包含人在内的许多物种，都是二倍体。也就是说，每一个二倍体个别中都有两套不同亲本来历的单倍体序列。咱们拼装得到的猪基因组，除了有很高的连续性外，更是成功地获得了2套染色体等级的基因组序列，这在基因组拼装研讨范畴尚属初次。”唐中林说，“这意味着咱们能够一起研讨同源染色体的变异，以及来自不同亲本的等位基因功用。这是基因组学范畴科学家们梦寐已久的，今日咱们向前迈了一大步。”
据介绍，东西方猪种具有各自独立的驯化来源，分属两个不同的进化分支，且具有显着的形状和遗传学差异。但是，现在猪基因组学研讨选用的是西方猪种杜洛克（Duroc）的基因组序列，这在必定程度上约束了对亚洲家猪的基因组学研讨。
进化研讨标明，陆川猪和杜洛克猪的分解时刻约为170万年前。项目参加方、深圳凌恩生物CEO牛永超介绍，经过比较二者基因组，他们发现陆川猪的272个阳性挑选基因在蛋白酪氨酸激酶活性、微管运动活性、GTPase激活物活性和泛素蛋白转移酶活性等方面均明显富集，而杜洛克猪阳性挑选基因与G蛋白偶联受体活性密切相关。这不只为猪遗传学范畴供给了要害的基准数据，而且为使用猪做形式动物研讨人类健康和疾病拓荒了一条新的路途。
唐中林介绍，我国是世界上最大的生猪饲养和猪肉消费国，具有全球1/3的猪种类。这些资源是深化发掘当地猪肉质和抗病力等重要性状优质基因的遗传宝库。但是，跟着西方商业猪种的遍及，本地猪种受到了非常大的冲击，有些闻名当地种类的数量比大熊猫还要稀疏，部分种类乃至现已灭绝。当地猪种质资源的维护刻不容缓，尤其在面临非洲猪瘟应战的今日，该基因组的发布更是具有重要的战略意义。
该研讨得到国家自然科学基金重点项目、转基因严重专项、深圳市科创委和我国农业科学院立异工程的支撑。
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