胃癌是我国常见的恶性肿瘤，高居我国农村地区发病率与死亡率的首位，严重危害公民健康。胃癌的发作与缓慢胃炎具有亲近相关，炎癌转化是一个长时间、杂乱进程。怎么提醒炎癌转化的内涵机制，按捺胃炎向胃癌转化，这是打破肿瘤“防备难、发现晚”防控难点的一个要害，关于胃癌防治具有严重意义。
清华大学自动化系、信息国家研讨中心李梢课题组致力于从“生物网络”这一体系的视点研讨胃癌发作机制和中西医医治原理。课题组展开了胃癌前病变患者的中西医全面诊察、长时间监测和多组学检测，并选用自主研发的高精度网络剖析算法，首先构建出胃炎癌转化的多层次生物网络，发现了胃炎寒热证生物分子网络、寒热证舌苔菌群网络（Sci Rep 2012, 2013），建立了炎癌转化动态网络演化和肿瘤预警模型（Cancer Research 2017），找到靶向炎癌转化分子网络的中药活性成分(ACS Synthetic Biology封面论文 2019，Cancers 2018)。最近还初次解析胃癌前病变和前期胃癌的单细胞转录组网络，发现了胃癌极前期细胞标志物（Cell Reports 2019），被世界威望学术点评组织F1000点评为最高等级的“出色（Exceptional）”论文。
在上述系列研讨的基础上，李梢课题组进一步探究胃炎癌转化的无损检测标志物，并获得可喜开展，发现了有助于监测胃炎癌转化的舌苔菌群标志物，构成了“智能预警—无损检测—极早确诊—精准防治”的肿瘤防控新策略，并提出了根据生物网络的肿瘤精准医学。论文别离发表于2019年7月的Protein & Cell（IF=7.575）和8月的Cancer Letters（IF=6.508）。
中医以为“舌苔由胃气所生”。经过调查舌苔来判别机体改动是中医舌诊的重要组成部分，可是其与疾病发作开展的相关尚不清楚。自2012年首先选用16S rRNA基因测序检测不同中医证候胃炎患者的舌苔菌群、构建出寒热证舌苔菌群网络之后，李梢课题组与清华大学张学工教授课题组协作，初次选用宏基因组测序办法检测了50例健康人和78例不同阶段胃炎患者的舌苔微生物组，全面刻画了舌苔菌群在胃炎开展进程中的改动，构建出胃炎相关的舌苔菌群物种网络和基因功能网络。根据菌群物种网络，发现胃炎患者的舌苔菌群多样性明显下降，11种微生物在胃炎患者中明显削减，10种微生物在胃炎患者中明显增多，且增多的微生物之间具有较强相关性。在网络中还判定出一种与胃炎分期明显相关的简明曲折杆菌（Campylobacter concisus），这种菌的丰度在正常到浅表、萎缩性胃炎、肠化进程中逐步升高，且该菌在机制上可引起宿主免疫反响。根据基因功能网络，发现抗生素组成、鞭毛拼装、细菌趋化性等通路在胃炎病人中明显上调。研讨标明，舌苔菌群在胃炎开展进程中发作明显改动，有望成为一种源自中医、非侵入式、适于长时间监测胃炎癌转化的新式生物标志物。该研讨成果发表于2019年7月的Protein & Cell，博士生崔佳星、崔鸿飞为论文一起榜首作者，李梢、张学工为一起通讯作者。简明曲折杆菌在胃炎开展中的效果已请求发明专利。
图1 胃炎相关舌苔菌群网络和菌群标志物
图2 胃炎患者中明显改动的舌苔微生物物种
图3 根据生物网络的肿瘤精准医学示意图
鉴于李梢课题组在肿瘤发作生物网络上的系列研讨开展，世界闻名肿瘤刊物Cancer Letters特邀其编撰述评文章。李梢课题组在论文中提出了“根据生物网络的肿瘤精准医学：一种新式的范式”。文章指出，肿瘤在机制上的杂乱性是难以监测、难以防治的重要原因。从生物网络的视点体系探究肿瘤发作开展机理，有望拓宽对肿瘤机制的全体知道，然后完成精准防备、确诊和医治。根据生物网络的肿瘤精准医学，其中心是联络微观与微观的多层次网络整合结构，以及网络生物标志物发现、肿瘤临床分层、网络靶标辨认、网络药理学剖析等。该研讨形式着重从“单基因、单靶点”向“生物网络、网络靶标”跃进，有助于构成肿瘤精准医学的新策略，还能在生物网络的基础上联接疾病与中医证候，促进中西医学的交融开展。自动化系博士生谭艾迪为本文榜首作者，李梢为通讯作者。
上述研讨成果得到了国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金严重研讨方案集成项目等的赞助。
论文出处：
Cui J, Cui H, Yang M, Du S, Li J, Li Y, Liu L, Zhang X, Li S. Tongue coating microbiome as a potential biomarker for gastritis including precancerous cascade. Protein & Cell 2019;10(7):496–509
Tan A, Huang H, Zhang P, Li S. Network-based cancer precision medicine: a new emerging paradigm. Cancer Letters 2019;458;39-45
https:///science/article/abs/pii/S0304383519303106
原题：清华李梢组发现胃炎舌苔菌群标志物，提出根据生物网络的肿瘤精准医学
转自：生物谷
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